与云南省安全厅合作，建立了“中国信息安全产品测评认证中心云南测试评估实验室”，学院作为技术支撑单位，负责测试评估实验室建设与运行、质量保证体系建设，并共建信息安全专业。

  ——国家Linux技术培训与推广中心。

           该中心是北京大学软件学院主持的国家科技攻关项目的子项目，与北京大学软件学院合作共建。云南大学软件学院提供场地、人员和设备，北京大学软件学院提供部分软件和部分设备；中科红旗公司赠送服务器版和桌面版红旗Linux各50套。

  ——云南省电子政务技术研发中心。

           与云南省电子政务网络管理中心合作建立，承担电子政务技术研发、应用实践、系统模拟等各方面的技术研发工作。

  ——云南大学软件学院&日本五岳技研株式会社联合研发实验室。

           与日本五岳技研株式会联合建立，主要承担项目开发、学生实习实训。

  ——华软研发中心。

           由昆明华软信息工程有限公司设立，主要承担项目开发、工程项目实施、学生实习实训。

  上述中心同时承担学生实习、实训、实践的任务。

  ——国内实习基地。

           在北京、上海、深圳、广州、成都、绵阳、昆明等地建立了校外实习基地36个。

  ——国际实习基地。

           与日本五岳技研株式会社、日本奥普迪公司、美国Michigan州立大学合作建立国际实习基地3个。